Původně zde stály čtyři malé vesničky (Strakonice, Bezděkov, Žabokrty a Lom), které se spojily v poddanské město Strakonice. Vývoj města začíná v druhé polovině 12. století, kdy rod Bavorů začíná budovat místní hrad. Roku 1243 daroval Bavor I. se svou manželkou Bolemilou část strakonického hradu řádu maltézských rytířů, kteří v něm vybudovali raně gotický kostel a klášter. Ještě ve 13. století byla původní hranolová věž vyměněna za nynější gotickou s břitem zvanou Rumpál. Město se dožilo největšího rozkvětu za vlády Bavora II., který se těšil velké přízni krále Přemysla Otakara II. V roce 1367 byla Strakonicím potvrzena Bavorem IV. městská privilegia a od roku 1421 se hrad stal sídlem velkopřevorů řádu, kteří jej rozšířili a vybudovali renesanční věž Jelenku.
